কাজের সুবিধার্থে স্বাস্থ্য মন্ত্রণালয়কে দুইভাগে বিভক্ত করা হয়েছে। একটি হলো স্বাস্থ্যসেবা বিভাগ এবং অপরটি মেডিকেল শিক্ষা ও পরিকল্যাণ বিভাগ। গত ১৬ মার্চ জারি করা প্রজ্ঞাপনে এ তথ্য জানানো হয়েছে। প্রজ্ঞাপনে বলা হয় রুলস অব বিজনেসের ১৯৯৬-এর রুল ৩-এর সাব রুল (দুই)-এর প্রদত্ত ক্ষমতাবলে স্বাস্থ্য ও পরিবারকল্যাণ মন্ত্রণালয়কে পুনর্গঠন করে মন্ত্রণালয়ের অধীনে দুটি বিভাগ গঠন করেছেন প্রধানমন্ত্রী। এ সিদ্ধান্ত অবিলম্বে কার্যকর হবে বলেও উল্লেখ করা হয়েছে প্রজ্ঞাপনে।
মন্ত্রণালয় সূত্রে জানা গেছে, দুই বিভাগ মিলিয়ে মন্ত্রী ও প্রতিমন্ত্রী একজন থাকলেও বিভাগ দুটিতে সচিব থাকবেন দুই জন। বিভাগ দুটিতে কর্মকর্তা-কর্মচারীদের ভাগ করে দেওয়া হবে।
তবে বিশেষায়িত হাসপাতাল, বেসরকারি হাসপাতাল, ক্লিনিক ও ডায়াগনস্টিক সেন্টার, মেডিকেল কলেজ, জেলা-উপজেলা, ইউনিয়ন স্বাস্থ্যসেবা কেন্দ্র-কমিউনিটি ক্লিনিক, ওষুধ প্রশাসন অধিদফতরসমূহ স্বাস্থ্যসেবা বিভাগে এবং মেডিকেল শিক্ষা ও ডেন্টাল শিক্ষা, নার্সিং ও মিডওয়াইফসহ হোমিওপ্যাথি, পরিবার-পরিকল্পনা বিভাগসমূহ থাকবে মেডিকেল শিক্ষা ও পরিবার কল্যাণ বিভাগের আওতায়।